إنطلاقاً من أهمية قطاع النقل و تأثيره المباشر في الحياة اليومية، أنشأت مؤسسة طقس-الأردن لاستشارات الأرصاد الجوية قسم خاص لهذا القطاع سُمي بقطاع الملاحة (Aviation Section)، و يتفرع من هذا القسم: قسم الملاحة الجوية، و قسم الملاحة البرية، و قسم الملاحة البحرية.

أولاً: الملاحة الجوية:
ويتضمن قسم الملاحة الجوية خدمات مختلفة خاصة للطيارون لمختلف الخطوط الجوية مثل:

1. معلومات عن سرعة الرياح واتجاهاتها في ارتفاعات مختلفة
2. درجات الحرارة لاختيار الارتفاع المناسب
3. معلومات عن مناطق الزوابع الرعدية والتيارات العمودية العنيفة (الجيوب الهوائية)
4. معلومات عن مطار الهبوط تشمل سرعة الرياح وإتجاهاتها ودرجات الحرارة ومدى الرؤية الأفقية وإرتفاع السحب المنخفضة عن سطح الأرض
5. الحالة الجوية السائدة في المطارات المعتمدة عالمياً لكل نصف ساعة-ساعة.

ثانياً: الملاحة البرية:
يتركز دور مؤسسة طقس-الأردن لاستشارات الأرصاد الجوية في قطاع النقل في مجال النقل البري بصورة كبيرة، حيث تتأثر الطرق البرية وخطوط السكك الحديدية بمختلف العوامل الجوية، ففي بعض المناطق تؤدى غزارة الأمطار إلى تحويل مياه الأمطار إلى سيول جارفة تتسبب في قطع خطوط السكك الحديدية والطرق المسفلتة، وتتراكم الرمال والأتربة أحياناً على الخطوط الحديدية والطرق المسفلتة خاصة الطرق الصحراوية و الخارجية مثل طريق عمان-العقبة وتتعطل حركة المرور عندما تهب العواصف الرملية و الترابية، و من جهة أخرى فإن أكثر العوامل تأثيراً على حركة المرور في الأردن و على الطرق المسفلتة هي تراكم الثلوج عند تساقطها ، حيث تعتبر من أهم العوامل التي تؤثر تأثيراً قوياً و ذلك لسبب واحد و بسيط و هو أن المناطق التي تتساقط بها الثلوج ( و لو مرة واحدة في الموسم) هي مناطق واسعة تشمل أكثر من 3-4 محافظات، كما أن تشكل الضباب على الطرقات يعيق كثيراً من حركة المرور.

ويستخلص مما سبق، بأن دور مؤسسة طقس-الأردن لاستشارات الأرصاد الجوية يتمثل بإصدار التحذيرات عند حدوث أي ظاهرة جوية قد تؤثر في مجال النقل البري، و توفير توقعات خاصة لحالة الطرق في المملكة أولاً بأول.

ويبرز دور آخر لمؤسسة طقس-الأردن لاستشارات الأرصاد الجوية و هو دخولها في عمليات التخطيط و ذلك عن طريق توفير المعلومات المناخية اللازمة لإنشاء خط حديدي أو طريق بري عن طريق دراسة المنطقة وتحليل الأمطار لإقامة الجسور لتصريف المياه، ليتناسب حجم المصرف مع غزارة الأمطار المتوقعة، بحيث يكون مرور تلك الطرق و الخطوط الحديدية ضمن مناطق أقل تأثُراً بظواهر جوية من غيرها.

ثالثاً: الملاحة البحرية:
يمثل قطاع الشحن البحري جزءاً كبيراً من عمليات الشحن حول العالم، و تتأثر السفن في عرض البحر بطريقة كبيرة بالأحوال الجوية في طُرقها عبر العالم. و توفر مؤسسة طقس-الأردن لاستشارات الأرصاد الجوية خدمات خاصة للسفن أو الأشخاص ذوي العلاقة بحيث تمكنهم من التخطيط الدقيق لأوقات وصول البضائع و المعيقات التي قد تتعرض لها السفن بحيث تحفظ الأموال و الوقت من الهدر.